Par décret du 15 juin 2017, le président a crée le Centre national de contre-terrorisme (CNCT), dirigé par "un coordonnateur national du renseignement et de la lutte contre le terrorisme". Un nouveau poste tenu par Pierre de Bousquet de Florian, ex-numéro un de la Direction de la surveillance des territoires (DST) sous Jacques Chirac, nommé le 21 juin 2017. Directement rattaché à l'Élysée, le CNTC doit améliorer la coordination des différents services de luttes contre le terrorisme. Composée d'une vingtaine de membres, principalement des analystes, cette structure n'est pas décisionnelle mais stratégique. L'idée essentielle d'un service de coordination des renseignements interne à l'Élysée est réalisée par le CNTC. Ce n'est pas vrai pour sa déclinaison en une "cellule spéciale du renseignement anti-Daech, permanente, de 50 à 100 agents". Le décret actant la création du CNTC ne mentionne par l'organisation État islamique. Depuis 2015, une cellule opérationnelle dédiée à Daech existe déjà. Baptisée Allat, elle est placée au sein de la Direction générale de la sécurité intérieure (DGSI).