François de Rugy, ministre de la Transition écologique, annonce en octobre 2018 que la fermeture de la centrale ne dépendra plus du démarrage de l'EPR de Flamanville, pour cause de travaux qui s'éternisent. Il assure néanmoins que la mise à l'arrêt définitive de Fessenheim aura lieu avant la fin du quinquennat, en 2022. Le 22 octobre, EDF annonce aussi qu'il n'y aura pas de travaux faits sur Fessenheim, visant à prolonger son fonctionnement. Un an plus tard, le 27 septembre 2019, EDF officialise la fermeture de la centrale. Elle est donc officiellement repoussée à 2020, comme prévue dans la programmation pluriannuelle de l'énergie. Quelques mois plus tard, le 22 février 2020, le premier réacteur est mis hors service. L'arrêt du deuxième est prévu le 30 juin. Malgré la crise sanitaire due à la pandémie de Covid-19, les opérations de mise à l'arrêt définitive du deuxième réacteur ont été maintenues. Dans un communiqué paru le 30 avril 2020, EDF confirme que le délai sera tenu. Après le 30 juin, les effectifs seront réduits à 60 salariés EDF, et une centaine de prestataires permanents, en charge du démantèlement du site. Celui-ci devrait débuter à l'été 2025.